首先，这次大起义推翻了元朝的黑暗统治。元朝是四大汗国的共主，力量比这些汗国更强大。但是在元末农民起义的打击下，元帝国比其他汗国更早的陷于崩溃。元朝首先被推翻，有利地支援了其他汗国人民的斗争，因而它是一件具有世界历史意义的大事。
其次，这次大起义沉重地打击了封建地主阶级，使长期积累的土地兼并问题得到一次较大规模的调整，使官僚地主占有大量土地得以重新分配，使明初的“移民垦荒”成为可能，从而促进了生产的发展。
最后，这次大起义局部地改变了落后的生产关系，例如，在元朝民族压迫政策下出现的大批“驱口”，工匠的身份降低到类似工奴的地位。在大起义的过程中，大批“驱口“得到解放，工匠的身份也在明初得到提高。总而言之，红巾军起义推动了历史的发展。