忽必烈为加强对全国的控制，在强化君主专制集权的思想指导下，参照宋金制度，逐步建立健全了从中央到地方的统治制度。
（1）在中央设中书省，总领全国政务，地方设立行省制度，加强中央集权巩固统一，强化对全国统治，为我国省级行政区划奠基。
（2）在中央设立宣政院，管理藏族地区事务，加强对西藏统治，西藏成为元朝正式行政区（正式成为中国领土）。
（3）设置澎湖巡检司加强对琉球（台湾）和澎湖列岛的管辖。
元朝的军事制度，是在对汗国以来军政合一制度作了较大调整后日趋完备的。实行军民分治，各有所司，并设枢密院专主兵戎之事，军队包括宿卫军和镇戍军。
驿站制度在密切元朝中央与地方的联系，巩固全国的统一，促进中西交通和经济文化交流方面都发挥了重要作用。
元朝统治者对各种宗教采取兼容并蓄的政策，用以充分发挥宗教的思想统治功能，佛教中的喇嘛教派受到元朝统治者的尊崇，势力最大。