黄册库的经费是人民的沉重负担。最早由应天财上元、江陵二县负责，后来开支过大，改由国家拨少量经费，大部经费是依靠检查黄册弊病收取罚款来解决。库内工作人员有权对地方送来的内容错误不合规定的黄册，盖上“驳”字退回，故名“驳册”’地方一面再造，一面要交付驳费。库内工作人员和地方官吏则从中舞弊，中饱私囊。
总之，后湖黄册库是一个保管专门档案，有独立经费、人员、制度的档案库。其库房规模之大，存贮黄册之多，工作人员之众，管理制度之严，是16世纪早期世界罕见的。