在宋王朝中央机关中，最早建立的架阁库是财政机构三司设置的架阁库。
宋神宗元丰改制后，三司被撤销，三省六部恢复职权，中央机关档案室便普遍设置起来。中书省是宰相办事所，有主管文书收发的生事房，同时也有负责文书保管工作和编检工作的制敕库房。“制敕库房主行编录、供检条法及架阁之事。门下省负责审核工作，下设十房，其中之一是制敕库房。“制敕库房主行供检，编录敕、令、格、式，及拟官爵、封勋黄甲与架阁库。”尚书省亦设架阁库。“制敕库房掌救书编录、供检条法之事，架阁库拿架图文字之事。
除三省外，尚书省的六部也分别设有架阁库，它仍是行政系统管理文书档案的中心。
枢密院是最高军事机关，下设兵房、吏房、户房、礼房、刑房等机构，其收发文书均为机要文书，向来由各房分散保管，遗失严重。韩琦任枢密使时曾大声疾呼要加强管理。其子韩缜甚至要求用立法的手段惩治那些“漏落”档案的人。但是到宋神宗时，混乱状况并末得到根本性改善。