由于文书制成材料的变革和发展，为文书的制作、处理、保存、利用提供了方便，引起了文书制作形式及其处理、保管制度上的一系列变革。首先，文书的装订形式普遍采用卷轴式。卷轴制度源于帛书，为防止抽换作伪，又产生了押缝（骑缝）制度，在文书纸面首尾的接缝处，骑缝加盖印章。
其次，用印制度发生变化。公文用纸后，不再使用封泥，朱色水印代之而起，为钤印字迹清晰，印章改为反字阳文（以前为阴文），方径变大，印文字数增多，官员携带不方便，而设有专员保管。同时官员离任迁除，即需铸造新印，南朝宋时产生了官印移交制度。
其三，公文处理程序的变革。在沿用两汉旧制的基础上，又有较大的革新，主要表现在文书处理机构、处理环节增多，分工更加严密，文书处理程序更趋健全等方面。在中央三省制度确立的过程中，中书、门下、尚书三省的权力时有交替，尚未完全固定，它们的主要职任都商不开辅佐皇帝处理文书和参与决策，并逐渐形成了中书省拟旨，门下省驳正，尚书省执行的文书处理系统，为后世的公文处理制度莫定了基础。